哥斯拉失落入三原山以后，日本过了5年安全的日子，可是侵占队为了以防万一，筹算以哥斯拉的细胞为成份制作对立哥斯拉的兵器"抗核细菌"(ANB)，和将以前与哥斯拉对于战时被捣毁的超等兵器"Super_X"改革成为"Super X2"，此时哥斯拉正在三原山里竟然又入手下手勾当，使患上日本关东地域地动不时，而且使患上白神博士将本人女儿细胞跟玫瑰细胞混淆的动物出生，因而白神博士便参加ANB筹划，同时他将哥斯拉细胞与女儿细胞跟玫瑰细胞混淆的动物分离制作了没有逝世动物碧奥兰蒂，可是正在一次的变乱之中碧奥兰蒂被开释进去而且正在芦之湖宏大化。此时三原山爆炸，哥斯拉再度呈现，侵占队没法反对哥斯拉 往东京标的目的挪动，厥后出动了"Super X2"使哥斯拉改动挪动标的目的，可是正在哥斯拉没有连续的打击之下"Super X2也败下阵来，可是不想到哥斯拉此时却朝着碧奥兰蒂的地点地挪动..... 片一开场，就向观众呈现了一个“倒立”的世界，意图很明显，就是点题。
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